Если я правильно понимаю, то SCL - порт должен быть на передачу, а SDA на прием.
Тактовая 4 MHz - внешний кварц
А код работы I2C взят Ваш один в один.
Один вопрос, в даташите указано, что для чтения данных из DS1307 бит RW должен быть установлен в 1. Вот тут мне не понятно, для чтения должна быть команда:
i2cread sda, scl, $D0, 0, [sec,Mins,Hr,Day,Date,Mon,Yr] или
...........................$D1............
У Вас $D1 используется для записи данных в часы.